Les champignons microbiens constituent la majorité des champignons phytopathogènes appartenant aux ascomycètes et aux basidiomycètes. Les agents pathogènes fongiques biotrophes colonisent les tissus végétaux vivants et obtiennent des nutriments à partir de cellules hôtes vivantes. Les maladies fongiques sont à la fois plus répandues et plus destructrices que les autres maladies des plantes ; ils diminuent considérablement les récoltes et la qualité des cultures, et raccourcissent la durée de vie productive des arbres fruitiers et des champs de petits fruits.