Le diagnostic des micro-organismes pathogénétiques repose sur un examen et des techniques directs. L'immunofluorescence, la coloration à l'immunoperoxydase et d'autres tests immunologiques peuvent détecter des antigènes microbiens spécifiques. Les sondes génétiques identifient des séquences d'ADN ou d'ARN spécifiques à un genre ou à une espèce.
Culture : Les milieux non sélectifs (non inhibiteurs) et les milieux sélectifs contiennent des substances inhibitrices.
Sérodiagnostic : titre croissant d'anticorps IgG spécifiques ou présence d'anticorps IgM spécifiques.
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