Le métabolite est toute substance produite au cours du métabolisme. Le métabolisme microbien est le moyen par lequel un microbe obtient l’énergie et les nutriments dont il a besoin pour vivre et se reproduire. Un métabolite primaire est une sorte de métabolite directement impliqué dans la croissance, le développement et la reproduction normaux. Les métabolites secondaires sont des composés organiques qui ne sont pas directement impliqués dans la croissance, le développement et la reproduction normale de l'organisme.
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