L'hylogénétique théorique s'intéresse au problème de la reconstruction de l'histoire évolutive passée des organismes existants à partir de données moléculaires actuelles telles que l'ADN. Il existe un intérêt continu pour le développement ultérieur des mathématiques qui sous-tendent les méthodes phylogénétiques informatiques.
Revues liées à la phylogénétique théorique Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology, Journal of Proteomics & Bioinformatics, Molecular Systematics and phylogenetics, Current Advances in Molecular Phylogenetics, Evolutionary Bioinformatics, Journal of Evolution Equation, Arthropod Systematics & Phylogeny, Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular et évolution développementale
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