L'écologie évolutive des organismes comprend l'évolution des organismes, la manière dont la biodiversité est générée et maintenue, le fonctionnement des organismes et la manière dont les organismes interagissent avec leur environnement. Celles-ci vont également de l’évolution et du contrôle des modèles d’expression génétique au sein des individus et des populations à la dynamique des écosystèmes. Les habitats et le climat ont changé à différentes échelles temporelles et spatiales depuis l'origine de la vie. Bien que cette variation puisse avoir un effet profond sur les processus écologiques et évolutifs, l’interaction entre l’écologie et l’évolution reste relativement négligée. La plupart des chercheurs en évolution s'intéressent davantage au modèle d'évolution (phylogénie) et à ses corrélats génétiques et développementaux qu'aux causes écologiques de l'évolution. De même, les écologistes ignorent souvent les implications évolutives des processus démographiques et communautaires, au moins en partie parce qu’il est déjà assez difficile d’évaluer les processus écologiques quand on suppose (implicitement) que tous les individus sont identiques sur de courtes échelles de temps.
Écologie évolutive organique
Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology, International Journal of Evolution, International Journal of Swarm Intelligence and Evolutionary Computation, Evolutionary Bioinformatics, Evolutionary Intelligence, Handbook of Differential Equations: Evolutionary Equations, Methods in Ecology and Evolution, Origins of Life and Evolution of the Biosphere, Origines de la vie et évolution de la biosphère, cerveau, comportement et évolution, dossier anatomique - Partie A Découvertes en biologie moléculaire, cellulaire et évolutive.