Des maladies comme la fièvre aphteuse, la rage et la maladie de la vache folle sont des exemples de MAE. Il comprend également de nouvelles maladies pour lesquelles il n’est pas immédiatement évident de savoir de quoi il s’agit. Certaines maladies d'urgence peuvent affecter un grand nombre d'animaux, par exemple l'apparition du virus Hendra dans le Queensland. Quelques maladies animales graves peuvent être transmises à l'homme, par exemple la rage et l'encéphalopathie spongiforme bovine.
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