La transplantation fécale est réalisée pour traiter une complication récurrente de l'antibiothérapie, qui peut être associée à de la diarrhée, des crampes abdominales et parfois de la fièvre.
Il s'agit du transfert de selles d'un donneur sain dans le tractus gastro-intestinal dans le but de traiter la colite récurrente à C. difficile. La transplantation fécale est généralement réalisée par coloscopie et moins fréquemment par sonde nasoduodénale. Pendant la coloscopie, le coloscope avance dans tout le côlon. Lorsque le coloscope est retiré, les selles du donneur sont délivrées par coloscopie dans le côlon du patient.