Pierre Mouritzen
Les données de séquençage ciblé ne seront jamais meilleures que le matériel d'entrée généré pendant le processus d'enrichissement ciblé ! Bien que cela puisse sembler trivial, très peu de technologies d'enrichissement ciblé permettent de maintenir l'intégrité et la qualité de l'ADN pendant l'enrichissement. Cela entraîne à la fois des faux positifs et des faux négatifs et peut avoir un impact significatif sur les conclusions. La technologie Xdrop™, un nouveau système de développement ciblé basé sur la microfluidique robotisée, permet un développement ciblé rapide tout en préservant la nature de l'ADN et permet ainsi d'éviter les anciennes raretés présentées avec d'autres avancées en matière d'enrichissement. Nous montrons ici que le système Xdrop™ est utilisé pour la succession d'infections intégrées et leur groupement chromosomique obscur englobant, de longues répétitions GC, et nous montrons la mise en scène des changements de croissance maligne à partir de sous-nanogrammes d'ADN. Des régions de 40 à 70 kb sont améliorées et séquencées à l'aide du séquençage Illumina, PacBio et Oxford Nanopore à haute inclusion. Outre les réactifs Xdrop™, seuls 0,2 à 10 ng d'ADN d'entrée et deux amorces adjacentes de 20 à 25 pb sont utilisés pour l'enrichissement d'une région chromosomique. Il est donc rapide et facile de configurer une nouvelle région. Les amorces sont situées dans la partie centrale de la région enrichie, ce qui signifie que des régions partiellement inconnues peuvent également être enrichies à l'aide du système, ce qui le rend pertinent pour les régions présentant une variation structurelle, l'édition de gènes CRISPR, la fermeture de lacunes, les virus ou bactéries variables, les pseudogènes, etc. Nous montrons également que le système Xdrop™ peut être utilisé pour l'amplification isotherme générale et impartiale de petites quantités d'échantillons d'ADN pour tout type de séquençage en aval.
Partagez cet article
English 
Spanish 
Chinese 
Russian 
German 
Japanese 
Portuguese 
Hindi 